为了高层玻璃钢消防水箱的水质满意运用要求，须定期对水箱内的水进行消毒，严格依照消毒步骤进行。
高层玻璃钢消防水箱的消毒准备工作重要。防护用品如工作服、口罩、护目镜、安全照明灯具等应完全。应查看高压水枪泵、鼓风机等设备的完整性。灭菌药品是否在有效期内进行查看。
然后查看操作电源。水箱工作时，照明电源电压不得超越36V，运用应急灯或手电筒，三相水泵应装有漏电启动。还须查看氧气是否在盒子里。
一些水箱封闭很长时刻，空气循环简直阻滞。突然进入会导致人缺氧和窒息。因此，能够在FRP高层消防水箱的入口处衔接鼓风机。换气时刻应为3小时。通风之后，把一根焚烧的蜡烛放进盒子里。假如蜡烛不平息，那就意味着池里没有缺氧。不然，须持续通风直至满意要求。
要注意的是，在清洗玻璃钢消防水箱的过程中，操作人员须遵守操作要求，戴上护目镜、口罩;假如头晕、眼痛、郁闷、紧绷等不适，应离开水池，用清水洗眼。
呼吸新鲜空气能够恢复。在整理水箱内的碎片时，先用铲子铲出水箱内的泥土和沙子以及沉积物，然后依照玻璃钢消防水箱顶壁底部的顺序用扫帚或尼龙刷重复清洗，然后用高压水冲洗。用枪排放污水。
消毒的一个环节是用1100的灭菌净(一般为漂白精粉)水溶液进行消毒，用尼龙刷把消毒液涂抹在箱内板壁上，盖好，封闭半小时后排出消毒水。
然后在玻璃钢消防水箱内注入适量清水重复冲洗几次。在清洗结束后，打开阀门向水箱内注水，达到标定的水位高度，并加盖加锁。

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